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Eso suele ser un problema de sincronización.
¿Tienes la última versión de dropbox? Si no es así, instala la última versión.
Al margen de eso y después de tener la última versión de dropbox, yo lo que haría sería una copia de todo el contenido de la carpeta que sincronizas con el dropbox, vaciaría tanto la carpeta local del dropbox como la de la nube desde el explorador de Internet. Una vez estás seguro que ambas están vacías, volvería a copiar lo que quieras sincronizar en la carpeta local del dropbox y revisaría si ya lo hace bien sin duplicar.
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